Układ odpornościowy chroni organizm przed obcymi lub niebezpiecznymi elementami. 

Do takich elementów należą:

mikroorganizmy (zwykle nazywane zarazkami, takie jak bakterie, wirusy i grzyby);
pasożyty (np. robaki);
złośliwe komórki;
Przeszczepione narządy i tkanki.

Aby chronić organizm przed inwazją obcych i niebezpiecznych elementów, układ odpornościowy musi być w stanie odróżnić

co należy do ciała (swojego);
To, co nie należy (nie jest własne lub obce).

Antygeny to wszelkie substancje rozpoznawane przez układ odpornościowy, które w związku z tym mogą stymulować odpowiedź immunologiczną. Jeśli antygeny są postrzegane jako niebezpieczne (np. jeśli mogą wywoływać choroby), mogą stymulować odpowiedź immunologiczną w organizmie.

Antygeny mogą być zawarte wewnątrz lub na powierzchni bakterii, wirusów, mikroorganizmów, pasożytów lub komórek nowotworowych. Antygeny mogą również istnieć samodzielnie, na przykład w postaci cząsteczek pokarmu lub pyłków.

Prawidłowa odpowiedź immunologiczna obejmuje następujące elementy:

Rozpoznanie potencjalnie niebezpiecznego obcego antygenu
Aktywizacja i mobilizacja do obrony przed nią
Atakowanie go
Kontrolowanie i powstrzymywanie ataku
Jeśli układ odpornościowy działa nieprawidłowo i myli "swoje" antygeny z "obcymi", może zaatakować tkanki własnego organizmu, powodując zaburzenia autoimmunologiczne, takie jak reumatoidalne zapalenie stawów, zapalenie tarczycy typu Hashimoto czy toczeń rumieniowaty układowy (SLE).

Zaburzenia immunologiczne występują, gdy:

organizm tworzy odpowiedź immunologiczną przeciwko sobie (choroba autoimmunologiczna);
organizm nie jest w stanie zapewnić niezbędnej odpowiedzi immunologicznej przeciwko organizmom wywołującym zarazki (niedobór odporności);
organizm wytwarza nadmierną reakcję immunologiczną przeciwko często nieszkodliwym obcym antygenom i uszkadza normalne tkanki (reakcja alergiczna).

Składniki układu odpornościowego
Układ odpornościowy zawiera liczne elementy:

Przeciwciała (immunoglobuliny) są białkami, które są wytwarzane przez białe krwinki zwane komórkami B. Wiążą się one selektywnie z antygenami patogenów, oznaczając je do ataku lub bezpośrednio je neutralizując. Organizm produkuje tysiące różnych przeciwciał. Każde przeciwciało jest specyficzne dla innego antygenu.  Przeciwciała neutralizujące są naturalnie produkowane przez organizm jako część układu odpornościowego.

Antygeny to wszelkie substancje rozpoznawane przez układ odpornościowy, które w związku z tym mogą stymulować odpowiedź immunologiczną.

Komórki B (limfocyty B) to białe krwinki, które wytwarzają przeciwciała specyficzne dla antygenu, który pobudził ich produkcję.

Bazofile to białe krwinki, które uwalniają histaminę (substancję biorącą udział w reakcjach alergicznych) i wytwarzają substancje, które przyciągają inne białe krwinki (neutrofile i eozynofile) do dotkniętego obszaru.

Komórki to najmniejsze jednostki żywego organizmu, składające się z jądra i cytoplazmy otoczonej błoną.

Chemotaksja to proces, w którym substancja chemiczna przyciąga komórki do określonego miejsca.